制度与规则的差异
尽管是同一项运动，NPB 和 MLB 在制度方面存在显著差异。最明显的区别是球队数量：MLB 有 30 支球队，而 NPB 只有 12 支。比赛场次也不同，MLB 打 162 场而 NPB 打 143 场。关于指定打击（DH）规则，MLB 在 2022 年统一了两个联盟，而 NPB 仍保持分裂状态-中央联盟不使用 DH，太平洋联盟使用 DH。NPB 对外籍球员注册也有限制，一军最多可注册四名外籍球员（投手和野手各最多三名）。这些制度差异对两个联盟的战术和球员部署产生了重大影响。
竞技水平的比较
NPB 和 MLB 之间的竞技差距可以从日本球员转会 MLB 后的表现来推断。野茂英雄、铃木一朗和大谷翔平等顶级球员在 MLB 取得了精英级别的成绩，但许多在 NPB 表现出色的球员在大联盟却遭遇困难。一般认为，NPB 的顶级球员与 MLB 的平均水平球员相当甚至更强，但与 MLB 的精英层仍存在差距。NPB 的投球速度现在经常超过 160 公里/小时，缩小了这方面的差距。然而，在击球力量、跑垒技术和防守范围方面，MLB 仍被认为占据优势。
薪资与经济规模的差距
NPB 和 MLB 之间的经济差距巨大。MLB 的平均年薪约为 440 万美元（约 6.6 亿日元），而 NPB 的平均年薪约为 4400 万日元，相差十倍以上。MLB 的转播权收入每年约达 120 亿美元，远超 NPB 的总收入。这种经济差距是日本球员流向 MLB 的主要驱动力。虽然入札制度为 NPB 球团提供了转会费，但关键球员的流失不可避免地削弱了阵容。扩大 NPB 的经济规模和改善球员待遇是遏制人才外流的根本课题。
文化差异与相互影响
NPB 和 MLB 在棒球文化方面也存在显著差异。NPB 的特点是有组织的应援团文化、重视投手完投和大量练习。MLB 在数据分析（赛伯计量学）方面领先，产生了防守布阵和开场投手等创新战术。近年来 NPB 也在数据利用方面取得进展，引入了相当于 Trackman 和 Statcast 的测量系统。大谷翔平作为二刀流选手的成功颠覆了 MLB 的常识，同时也影响了 NPB 的培养方针。两个联盟虽处于竞争关系，但通过吸收彼此的长处为棒球整体的发展做出贡献。