军国主义与对棒球的压力
1937 年中日战争爆发后，日本社会迅速军国主义化，职业棒球也未能幸免。随着消除'敌国语言'运动的加剧，英文球队名称于 1940 年被禁止。东京读卖改为'东京巨人军'，老虎队改为'阪神军'。棒球术语被替换为日语：好球变成'yoshi'（好），坏球变成'dame'（不行）。赛前升旗仪式和国歌成为强制要求，球员有时穿着国民服在棒球服外列队行进。棒球从娱乐被改造为国威宣扬的工具。
球员征兵与战死
随着战局恶化，征兵令送达职业棒球选手手中。�的�的泽村荣治三次被征召入伍，因手榴弹投掷训练过度使用的右肩丧失了投球能力。1944 年 12 月，泽村在运输船被击沉时牺牲，年仅 27 岁。除泽村外，景浦将、吉原正喜等众多球员在战场上失去了生命。创立期明星球员的接连损失对日本棒球界是无法估量的打击。战后设立的泽村荣治奖旨在永远纪念他的成就与牺牲。
1944-1945 年 - 存亡危机
1944 年赛季在空袭加剧和球员短缺中勉强完成。各队仅靠约 15 名球员维持运转，比赛场次大幅削减。后乐园球场被征用为军事物资仓库，确保比赛场地极为困难。到 1945 年，本土空袭的加剧使正式比赛完全无法举行。然而一些相关人士通过在地方举办非正式比赛和慰问赛，继续努力维持职业棒球的火种。这一时期的许多记录已经散佚，但那些在战时努力守护棒球的人们的执着，使战后的迅速复兴成为可能。
战后复兴与战争的教训
1945 年 11 月，终战仅三个月后，神宫球场举办了东西对抗赛。约 15000 名观众聚集在废墟之中，使这场比赛成为战后复兴希望的象征。1946 年联赛重新开始，职业棒球迅速恢复了国民娱乐的地位。战时经历既展示了体育被政治和军事利用的危险，也证明了体育作为人民精神支柱的力量。NPB 每年 8 月 15 日前后举办'和平日'活动，确保战争记忆不被遗忘。