二军联赛的结构
NPB 的农场系统由东方联盟（中央联盟所属 6 支球队）和西方联盟（太平洋联盟所属 6 支球队）组成。部分球队因地理原因被分配到与一军不同的联盟。二军每年约进行 100 场比赛，少于一军的 143 场。观众通常只有数百人，许多球场可免费观赛。二军比赛优先考虑选手培养和状态调整而非胜负：既是从一军降级选手恢复实战感觉的场所，也是年轻选手积累经验的舞台，还是伤愈选手通过复健登板回归的平台。
育成选手制度的革命
2005 年引入的育成选手制度从根本上改变了 NPB 的选手培养。球团可以在 70 人支配下登录名额之外签约育成选手，分配三位数背号。育成选手不能出场一军比赛但可参加二军比赛。其最低年薪 240 万日元远低于支配下选手的 440 万日元。该制度最大的成功案例是千贺的大（软银），他以育成选秀第 4 轮入团，经过二军磨练成长为 NPB 代表性投手，2023 年转会至 MLB 大都会队。甲�的拓也、石川柊太等人的成功使软银赢得了「育成的软银」之称。该制度为落选选手开辟了职业道路，同时为球团提供了低成本获取大量人才的手段。
育成选手制度的阴暗面
育成选手制度有利有弊。大多数育成选手无法获得支配下登录，整体升格率约为 30%。剩余 70% 的选手在低薪度过数年后离开职业棒球界。240 万日元的最低年薪低于同龄人的一般起薪。批评者认为部分球团将育成名额作为廉价劳动力使用，囤积实际上几乎没有升格前景的选手。由于合同期限没有上限，有选手在育成合同状态下待了五年以上最终被释放。如何平衡选手权利保护与培养机会的提供，是该制度持续面临的课题。
与 MLB 小联盟的根本差异
NPB 的二军与 MLB 的小联盟在结构上存在根本差异。MLB 的体系分为 AAA、AA、A+、A 四个层级，每个组织拥有 150 至 200 名选手，根据表现在各层级间升降，有明确的晋升路径。NPB 只有一个二军层级，一军和二军之间没有中间阶段。这种结构差异对培养产生重大影响：MLB 的年轻选手可以在适合自己水平的层级逐步积累经验，而 NPB 只有参加二军比赛或升入一军两种选择。二军比赛中，正在调整状态的老将与高中毕业第一年的新人同场竞技，竞技水平差异极大，这既提供了学习机会，但也导致无法持续与水平相当的对手对战的培养课题。
农场的未来 - 三军构想与独立联盟合作
NPB 的农场系统正处于变革期。软银自 2013 年起引入三军制，通过与独立联盟和社会人球队的练习赛为育成选手提供充足的实战机会。这一举措已扩散至其他球团，读売和广岛也开始建立相当于三军的组织。独立联盟的合作也在推进中，被 NPB 释放的选手越来越多地利用独立联盟作为东山再起的平台后重返 NPB。独立联盟正被定位为 NPB 农场系统的延伸，日本棒球整体的培养生态系统正在扩大。理想的未来是像 MLB 那样建立多层级小联盟体系，实现按选手水平进行阶段性培养，但考虑到 12 支球团的经营规模，实现起来面临重大挑战。