保留制度的确立与球员束缚
NPB 的保留制度是基于 1951 年制定的棒球协约而确立的。在该制度下，球团每年可以「保留」球员合同，意味着球员没有与其他球团自由谈判的权利。保留制度仿照了 MLB 的保留条款，是一种允许球团半永久性束缚球员的机制。球员转会的唯一途径是球团间的交易或被球团释放（实质上的非续约通知）。虽然该制度名义上以维持竞争平衡为由，但实际上是一种对球团压倒性有利的合同结构，严重限制了球员的薪资谈判能力。
选手工会的成立与权利意识的觉醒
1985 年日本职业棒球选手会被认定为工会，这是球员权利提升的里程碑事件。选手工会将保留制度改革列为最优先课题，与球团方面进行了反复谈判。从 1980 年代后期到 1990 年代，落合博满的薪资谈判和多名球员的转会要求引起了社会关注，保留制度的问题被广泛认知。虽然 MLB 的保留条款在 1975 年通过安迪·梅瑟史密斯的仲裁裁决被事实上废除，但 NPB 由于球团方面的强烈抵制，改革进展缓慢。
自由球员制度的引入与渐进改革
1993 年，NPB 引入了自由球员（FA）制度。这是对保留制度的根本性改革，赋予满足一定服务年限要求的球员转会自由。最初 FA 资格条件设定严格，国内 FA 为 10 年，海外 FA 为 9 年。此后条件逐步放宽，2008 年国内 FA 缩短为 8 年，海外 FA 为 9 年。FA 制度的引入显著提高了球员薪资水平，激活了球团间的竞争。然而，也出现了新的课题，包括实力向财力雄厚的球团集中以及围绕 FA 补偿制度的争论。
现代课题 - 保留制度的残余与球员权利
虽然 FA 制度的引入大幅放宽了保留制度，但并未完全废除。在球员获得 FA 权之前，他们仍然被束缚在球团。对年轻球员而言，8 到 9 年的 FA 资格取得期间占据了职业生涯的大部分。薪资仲裁制度的缺失也是问题所在，薪资谈判结构继续对球团压倒性有利。与 MLB 相比，有人指出 NPB 的球员权利保护仍然不足。关于改善入札制度、引入薪资仲裁制度、进一步缩短 FA 资格年限等扩大球员权利的讨论预计将持续下去。