FA 补偿制度的确立及其结构性矛盾
NPB 的自由球员制度于 1993 年引入，但其补偿制度从一开始就是争议的焦点。获得 FA 选手的球团有义务向原球团提供金钱或人员补偿。该制度虽被设计为维持竞争均衡的安全阀，但实际上却成为抑制选手流动的枷锁。当 A 级或 B 级选手宣布 FA 时，获得球团必须支付相当于年薪 80% 的现金或提供一名未受保护选手。这种高额补偿使资金薄弱的球团事实上无法获得 FA 选手，固化了竞争差距。
人员补偿引发的纠纷与选手尊严
人员补偿制度因将选手视为“补偿棋子”而不断遭到批评。未列入保护名单的选手被迫作为补偿转会，本人意愿无法得到体现。2012 年的一个案例中，被指定为人员补偿的选手表示拒绝转会，引发重大争论。选手工会反复要求废除人员补偿，但球团方从竞争均衡角度主张维持。MLB 在 2012 年新劳资协议中转向选秀指名权方式，完全废除了人员补偿。NPB 的人员补偿制度在国际上也属异例。
入札制度改革与国际转会的挑战
入札制度于 1998 年作为未获得 FA 权的选手转会至 MLB 的途径而引入。最初采用竞标制，出价最高的 MLB 球团获得谈判权。2012 年达比修有转会时竞标额高达 5170 万美元，制度可持续性受到质疑。2013 年修订后转让金上限设为 2000 万美元。这为选手带来了可与多支球团谈判的优势，但申请仍需球团许可。此外还存在对绕过 NPB 直接挑战 MLB 的选手施加处罚的规定，如 2008 年制定、2020 年废除的田泽规则。
转会制度改革展望与向国际标准靠拢
NPB 的转会制度面临保护选手权利与确保球团经营稳定的两难课题。选手工会要求缩短 FA 取得年限至 6 年并废除人员补偿。球团方则主张需要确保育成投资的回收期。与欧洲足球和 MLB 的 FA 制度相比，NPB 的补偿制度被指过度限制选手流动。2020 年田泽规则的废除是在国际批评下推动改革的一例。今后 NPB 要在国际人才市场保持竞争力，就必须设计出既尊重选手权利又保障球团经营可持续性的新制度。