合并危机 - 近铁的财务崩溃
2004 年 6 月 13 日，有报道称近铁野牛队与欧力士蓝浪队计划合并。近铁每年亏损超过 40 亿日元，母公司近畿日本铁道寻求退出棒球事业。欧力士老板宫内义彦提出合并方案，双方在幕后进行谈判。消息一出，震动了整个棒球界。读卖老板渡边恒雄公开支持「单一联盟 10 队制」，加上大荣鹰队也面临财务困难，太平洋联盟多支球队解散的可能性变得越来越现实。当 Livedoor 社长堀江贵文提出收购近铁时，NPB 基本上拒绝接触，暴露了联盟的封闭心态。
古田敦也与球员工会的抗争
养乐多燕子队捕手古田敦也时任球员工会主席，他力主维持 12 支球队。从 7 月到 9 月共进行了七轮劳资谈判，但老板们将合并视为既定事实，谈判毫无进展。古田反复声明球员不是棋子，必须为球迷保住 12 支球队。工会准备将罢工作为最后手段。球迷也纷纷响应，要求维持 12 队的请愿签名在创纪录的短时间内突破了 100 万人。渡边轻蔑地称球员不过是「区区雇员」，这番言论激起了公众的愤怒，使这场危机从体育话题升级为全国性辩论。
NPB 史上首次罢工
9 月 18 日至 19 日，NPB 史上首次球员罢工付诸实施。12 支球队的所有球员拒绝比赛，导致 12 场比赛取消，估计造成 30 亿日元的损失。在新闻发布会上，古田含泪向球迷道歉，同时坚持罢工对棒球的未来是必要的。舆论压倒性地支持球员，调查显示超过 70% 的人支持罢工。这一冲击迫使老板们采取行动，9 月 23 日的紧急老板会议同意向新球队开放准入。两天的罢工行动打破了联盟 60 多年的封闭文化。
乐天加入与改革的开端
11 月 2 日，东北乐天金鹰队正式获批成为 NPB 最新的加盟球队。老板三木谷浩史选择仙台作为主场，创建了东北地区首支职业棒球队。近铁与欧力士的合并按计划进行，组建了欧力士野牛队，近铁野牛队 55 年的历史就此落幕。这场危机催生了全面改革，包括 2005 年引入跨联盟交流赛、选秀制度改革以及季后赛赛制扩展。软银收购大荣鹰队也在同一时期实现，开启了 IT 企业进入球团经营的时代。2004 年的危机最终成为 NPB 走向现代化的转折点。