棒球迁移现象
来自北海道和东北地区的球员越来越多地转学到关西和四国的强校，以最大化甲子园的曝光机会。在强校参加甲子园比赛比在弱校打三年球更能吸引球探的目光，这种理性计算推动了这一迁移现象。
奖学金制度问题
2007 年日本高中棒球联盟 (JHSBF) 的调查发现，376 所学校共有 7,971 名体育奖学金学生享受学费和宿舍费减免。虽然联盟认为过度的奖学金制度与棒球的教育使命相冲突，但全面禁止将影响私立学校的财务状况，因此最终采取了有条件允许的方针。
转学纠纷
入学后的转学会触发一年的比赛禁令，该规定旨在防止挖角行为，但对于因霸凌或与教练冲突等正当理由转学的学生来说过于严苛。强校教练从其他学校招募球员的报道更加剧了争议。
监管挑战
JHSBF 将奖学金限制为每年级 5 人并限制招募活动，但执行漏洞依然存在。根本驱动因素在于甲子园是通往职业球探的主要途径，这确保了人才向精英项目集中的趋势将持续下去，直到出现替代的展示平台。