야구 이주 현상
홋카이도와 도호쿠 지역의 선수들이 고시엔 노출을 극대화하기 위해 간사이와 시코쿠의 강호 학교로 점점 더 많이 전학하고 있다. 약한 지역 학교에서 3년을 뛰는 것보다 강호 학교에서 고시엔에 출전하는 것이 더 많은 스카우트의 눈에 띈다는 합리적 판단이 이 이주를 촉진하고 있다.
장학금 제도 문제
2007년 일본고교야구연맹 (JHSBF) 조사에서 376개 학교에서 7,971명의 체육 특기생이 수업료와 기숙사비 면제를 받고 있는 것으로 확인되었다. 연맹은 과도한 장학금이 야구의 교육적 사명과 충돌한다고 보지만, 전면 금지는 사립학교 재정에 영향을 미치기 때문에 조건부 허용으로 귀결되었다.
전학 분쟁
입학 후 전학은 스카우트 방지를 위해 설계된 1년간의 대회 출전 금지를 유발하지만, 왕따나 감독과의 갈등 같은 정당한 사유가 있는 학생에게는 가혹한 조치이다. 강호 학교 감독이 다른 학교의 선수를 영입한다는 보도가 논란을 더하고 있다.
규제의 과제
JHSBF는 장학금을 학년당 5명으로 제한하고 모집 활동을 규제하고 있지만, 집행의 허점은 여전히 존재한다. 근본적인 동인인 프로 스카우팅의 주요 경로로서의 고시엔이 존재하는 한, 대안적인 쇼케이스 구조가 등장하기 전까지 엘리트 프로그램으로의 인재 집중은 계속될 것이다.
지역 격차와 고시엔 출전 기회의 편중
고시엔 출전 배정은 도도부현별 1~2교이지만, 인구가 많은 가나가와나 오사카와 학교 수가 적은 돗토리나 고치 사이에 경쟁 배율 차이가 크다. 경쟁이 덜한 지역으로 월경 입학하는 움직임이 있는 한편, 현지 경기 수준 하락을 우려하는 목소리도 있다. 각 도도부현 고야련이 독자적 모집 규제를 두는 경우도 있으나 전국 통일 규칙은 부재하며, 특정 강호가 여러 현에서 선수를 모으는 구조가 고착화되어 고시엔 출전 기회의 공정성이 계속 물음에 부쳐지고 있다.
보호자의 경제적 부담과 선수 복지
야구 유학에는 경제적 부담이 따른다. 기숙사비·원정비·장비비는 연간 수십만에서 백만 엔에 이를 수 있다. 특기생 감면을 받지 못한 가정에는 과대한 지출이며, 입학 후 자금난으로 퇴부에 내몰리는 사례도 보고되고 있다. 먼 학교에 진학한 선수는 가족과의 접촉이 크게 줄어 정신적 고립에 빠지기 쉽다. 긴 부활동 시간으로 인한 학업 부담도 지적되며, 문무양도를 내세우는 고야련의 이념과 실태 간 괴리가 비판 대상이다. 선수를 보내는 보호자가 충분한 정보 없이 진로를 결정하는 구조에도 과제가 있다.
프로 지망 신고와 진로 다양화
고교 졸업 후 진로로는 프로 지망 신고를 제출해 드래프트 지명을 기다리는 길과, 대학·사회인을 거치는 길이 존재한다. 고시엔 출전은 드래프트 평가를 높이는 요소이지만 유일한 길은 아니게 되고 있다. 독립리그 발족과 대학야구 스카우트 체제 강화로 강호를 거치지 않아도 프로 진출의 길이 넓어지고 있다. 그러나 많은 중학생과 보호자는 여전히 고시엔 지상주의에서 벗어나지 못하고 있다. 진로 선택의 조기화가 진행되는 가운데 정확한 정보 제공과 다양한 커리어 패스의 가시화가 요구되고 있다. 고교 3년만이 아닌 그 이후 10년을 내다보는 진로 지도의 충실이 과제이다.