工会成立前夜 - 没有选手权利的时代
在NPB早期，选手相对于球团处于极其弱势的地位。保留条款阻止选手未经球团许可转会，球团在薪资谈判中占据压倒性优势。即使对合同更新时提出的金额不满，选手实际上也没有任何谈判筹码。从1950年代到1960年代，一些选手发出了要求改善待遇的声音，但始终未能发展成有组织的运动。球团老板对选手团结保持警惕，敢于发声的选手遭受不利待遇并不罕见。在那个时代，一种普遍的无奈情绪占据主导：既然选择了棒球作为职业，就只能服从球团的方针。
日本职业棒球选手会的成立与法律认可
1985年，日本职业棒球选手会正式被认定为工会组织。这一认定是具有里程碑意义的事件，从法律上确认了选手不仅仅是个体经营者，而是享有劳动者权利的工作者。在工会成立之前，当时的主力选手中畑清和原辰徳等人主导了与球团老板的持续谈判。获得工会认定后，选手会获得了集体谈判权，能够在最低薪资保障、合同透明度和选手福利等方面与球团进行对等谈判。然而，工会认定对球团老板来说是重大让步，此后选手会与管理层之间的紧张关系持续存在。
争取到的权利与制度改革
选手会的活动对NPB的制度改革产生了重大影响。1993年自由球员制度的引入是工会长期诉求的成果。FA制度允许服役满一定年限的选手自由选择转会目的地，促进了选手流动性和薪资水平的提升。此外，薪资仲裁制度的引入、最低薪资的提高以及退役后养老金制度的完善，若没有工会的谈判都不可能实现。代理人制度的引入使选手能够在专业人士的建议下进行合同谈判。这些制度改革成为将NPB转变为现代职业体育联盟的推动力。选手会对球团老板的单方面决定起着重要的制衡作用。
2004年罢工与工会的转折点
2004年的联盟重组危机成为选手会历史上最大的转折点。由近铁猛牛队与欧力士蓝浪队的合并提案引发，这一问题升级为部分老板推动单一联盟制与选手会要求维持12球团体制之间的冲突。在与球团老板的谈判破裂后，选手会会长古田敦也实施了NPB历史上首次罢工。为期两天的罢工引起了巨大的社会关注，最终通过乐天金鹰队的加入维持了12球团体制。这次罢工证明了选手会不仅仅是改善待遇的组织，更是能够影响职业棒球整体结构的力量。古田坚定的态度在工会历史上写下了新的篇章。