Panorama general
Las ligas menores (farm team; en japonés, ni-gun) son la estructura que está por debajo del primer equipo, y se usan tanto para formar a los jóvenes como para que los jugadores que vuelven de una lesión hagan su rehabilitación y recuperen ritmo. Las ligas menores de la NPB se dividen en la Liga Oriental (seis franquicias de la zona de Kanto) y la Liga Occidental (seis franquicias de la zona de Kansai), y cada una disputa su propio calendario oficial. Desde 2005 existe además el sistema de jugadores de desarrollo, que permite que peloteros fuera del róster registrado (limitado a 70 hombres) también compitan en las menores. De ahí salieron muchos que llegaron a ser piezas centrales del primer equipo, como Senga Kodai (jugador de desarrollo, cuarta selección de Fukuoka SoftBank Hawks, luego lanzador en las Grandes Ligas) o Kai Takuya (sexta selección de desarrollo, después receptor titular). Los juegos de las menores, a diferencia de los del primer equipo, reúnen poco público y en algunos estadios la entrada es gratuita, pero en los últimos años las instalaciones han mejorado mucho y se han construido estadios propios con equipamiento de última generación, como el de Chikugo (Fukuoka SoftBank Hawks) y el de Izumi (Tohoku Rakuten Golden Eagles). Frente al sistema de ligas menores de las Grandes Ligas, que tiene varios escalones (de Triple A hasta el nivel de novatos), la NPB se apoya básicamente en dos niveles, primer equipo y menores, y las franquicias que sostienen un tercer equipo se limitan a unas pocas, entre ellas Fukuoka SoftBank Hawks.