黑雾事件与裁判涉嫌受贿
1969-1971年的「黑雾事件」主要涉及球员打假球，但有证词表明有组织犯罪人物也曾接触裁判。虽然没有裁判受贿被证实，但NPB收紧了裁判行为准则，并禁止与犯罪组织接触。
薪酬差距成为潜在漏洞
NPB裁判年薪约1000万日元，而球员平均年薪为4000万日元，这一薪酬差距长期以来被批评者视为潜在的腐败隐患。繁重的出差日程和与家人的分离增加了心理和经济压力。
误判与信任危机
争议性判罚（如2006年日本大赛中的判罚）会周期性地重新点燃受贿猜测。NPB于2010年引入了本垒打录像回放制度，后来扩展为现行的教练挑战制度，以减少人为失误的影响。
改革与透明度
NPB已实施评估制度、培训计划和随机分配裁判组。然而，与MLB公开裁判准确率统计数据不同，NPB对评估结果和纪律处分保密，透明度仍是一个持续性挑战。