「機關巨蛋」的由來 - 球迷抱持的疑慮
東京巨蛋開始被稱為「機關巨蛋」，是在 1990 年代後半到 2000 年代這段時期。在讀賣的主場東京巨蛋，經常可以看到在其他球場只會是普通高飛球出局的擊球飛進看台的景象，於是在對手球隊的球迷與棒球解說員之間，「東京巨蛋裡是不是有什麼機關」的疑慮逐漸擴散。「機關 (karakuri)」在日語中意指「裝置」與「花招」，隱含著有人替讀賣動了某種有利手腳的陰謀論色彩。這個稱呼與反讀賣的文化緊密結合，成為批判讀賣的象徵性關鍵詞。
氣壓與擊球飛行距離的關係
東京巨蛋採用空氣膜結構 (氣承式巨蛋)，為了讓屋頂膨脹，將內部氣壓維持在比外部高約 0.3% 的水準。有一種說法認為，這個氣壓差會影響擊球的飛行距離。從物理學來看，氣壓愈高則空氣密度愈大，擊球承受的空氣阻力也隨之增加，理論上飛行距離應該會變短。也就是說，單就氣壓的角度而言，東京巨蛋反而屬於不容易出全壘打的球場。不過巨蛋內部無風，因此與露天球場吹逆風的情況相比，結果上仍有飛行距離被拉長的案例。能夠排除風的影響，被認為是東京巨蛋全壘打偏多的原因之一。
圍牆距離的疑慮
東京巨蛋公布的圍牆距離為兩翼 100 公尺、中外野 122 公尺。然而，認為實際距離比這個數字更短的疑慮始終根深蒂固。2014 年，有一位體育作家自行以雷射測量儀進行計測，報告指出左外野邊線附近比公布的數字短了數公尺。不過這次計測的精度與方法論存有爭議，東京巨蛋方面則主張公布的距離是正確的。圍牆的高度據說也比其他球場略低，這些要素有可能複合地推升了全壘打的出現機率。
球場因子顯示的事實
球場因子是把特定球場對打擊成績的影響程度數值化的指標。東京巨蛋的全壘打球場因子，在 NPB 的 12 座球場中始終位居前段。以 2010 年代的資料來看，東京巨蛋的全壘打球場因子維持在 1.2 前後，顯示比聯盟平均約多出 20% 的全壘打。不過這並不是「機關」的證據，而是球場物理特性 (到圍牆的距離、圍牆的高度、有無風的影響) 綜合作用的結果。神宮球場與橫濱球場的全壘打球場因子同樣偏高，並非只有東京巨蛋特別異常。
機關巨蛋論爭的本質 - 對讀賣不信任的投射
機關巨蛋論爭的本質，與其說在於球場的物理特性，更在於對讀賣這個球團的不信任感的投射。讀賣集團對媒體的支配、透過 FA 進行的大型補強、渡邉恆雄把球界私物化等等，對讀賣的不滿不斷累積，於是產生了「連主場球場都一定動了手腳」的疑慮。實際上，東京巨蛋全壘打偏多的程度仍在能夠用物理解釋的範圍內，並沒有證據顯示存在刻意的「機關」。然而，機關巨蛋這個稱呼之所以能夠定型，本身就是對讀賣根深蒂固的不信任的表現。這場論爭也是一面鏡子，映照出職棒對公正性的關注與球迷心理的複雜。
空調操控疑慮 - 最根深蒂固的「機關」正體
機關巨蛋論爭中被談論得最廣的，是空調系統遭到刻意操控的疑慮。東京巨蛋為了支撐屋頂而持續送風，球迷之間長年流傳著一種說法：這股送風的方向與強度，會在讀賣進攻時被調整成對讀賣有利。理論上，只要存在朝外野方向的氣流，擊球的飛行距離就會被拉長。不過東京巨蛋方面已正式否認這項疑慮，說明送風的目的在於維持屋頂結構，並未配備能夠改變風向的機構。由於始終沒有第三方機構進行獨立驗證，實情是否認與肯定雙方都不是建立在確定性的證據之上。
與其他巨蛋球場的比較
要檢驗機關巨蛋疑慮，與其他巨蛋球場比較是有效的做法。NPB 中除了東京巨蛋，還有名古屋巨蛋 (萬特林巨蛋)、京瓷巨蛋大阪、札幌巨蛋等多座巨蛋球場。這些球場的氣密性同樣很高、屬於無風環境，全壘打球場因子卻都沒有東京巨蛋那麼高。這樣的差距，一般認為源自到圍牆的距離、圍牆的高度，以及從打擊區到本壘後方擋網的界外區廣度等各球場設計思想的不同。特別是名古屋巨蛋以投手有利的球場聞名，顯示即使是相同的巨蛋結構，也可能變成對打者有利或對投手有利。東京巨蛋全壘打偏多的原因，很可能不是「因為是巨蛋」，而要歸結到設計上的尺寸問題。
機關巨蛋論爭留下的教訓
機關巨蛋論爭是缺乏確證的疑慮在球迷文化中自我增殖的典型例子。在科學驗證不足的情況下就被當成「常識」而定型的說法，一旦擴散開來就很難修正。從這場論爭可以得到兩個教訓。第一，隨著球場因子這類客觀指標廣泛普及，過去憑感覺進行的「全壘打球場」爭論，正逐漸轉向以數字為基礎的冷靜分析。第二是球場結構透明性的重要。假如東京巨蛋當初接受獨立機構的計測並公開結果，陰謀論或許就不會扎根到這個程度。這場論爭所暗示的是：球場經營方需要做的並不是「否認」，而是「證明」，透明性才是面對疑慮的最佳回答。
常見問題
Q. 什麼是 Dome Run？
用來嘲諷在東京巨蛋裡，在其他球場看起來只是普通高飛球的擊球卻能飛進看台的現象的俗語。常出現在懷疑空調或氣壓遭到操控的脈絡中，但並沒有出現足以佐證刻意操控的確切證據。
Q. 東京巨蛋真的容易出全壘打嗎？
以 2010 年代的資料來看，全壘打球場因子維持在 1.2 前後、持續位居聯盟前段，從統計上確實可以說是「容易出全壘打的球場」。不過並沒有證據顯示這個結果的成因是刻意設下的機關。